Der Hainich war jahrzehntelang militärisches Sperrgebiet. Große Bereiche des Waldes wurden daher kaum betreten und nicht genutzt, so dass sich dort die Waldbestände ungestört entwickeln konnten. Am ursprünglichsten präsentiert sich der Wald in der Nähe der ehemaligen Schießbahnen.
Der Südteil des Hainich, der Kindel, wurde seit 1935 durch die Wehrmacht militärisch genutzt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde dieser Bereich durch die sowjetische Armee noch einmal erweitert und erst 1991 zur zivilen Nutzung freigegeben. Die großen Kahlflächen sind durch das Militär entstanden. Aber wie sich zeigt, ist der Wald nur schwer zu ruinieren. Kraftvoll verwandeln sich im Nationalpark die Sukzessionsflächen des ehemaligen Truppenübungsplatzes nach und nach in Wald. Hier ist gefragt, was der Mensch fast verlernt hat: Nichtstun und Geduld. Seither ist im Nationalpark eine Dynamik der Waldentwicklung zu beobachten – in Mitteleuropa eine seltene Gelegenheit.
Ein Teil der unzugänglichen Gebiete wurde selbst vom Militär nicht genutzt. Dort entwickelt sich der Urwald schon seit Jahrzehnten im Stillen.
Im bewirtschafteten Teil des Hainich, außerhalb des Nationalparks, ist naturnahe Waldbewirtschaftung Tradition. Seit Generationen pflegen die Laubgenossen und Förster den Plenterwald, in dem die stärksten Bäume, einzelbaumweise gefällt werden. Derart forstliche und biologische Nachhaltigkeit ist ein eindrucksvolles Beispiel für ökologisch wertvollen Wirtschaftswald.
In den vier Jahren zwischen der ersten Idee 1993 und der Verabschiedung des Gesetzes über den Nationalpark Hainich am 10. Dezember 1997 gab es eine Vielzahl von Aktivitäten: Infoveranstaltungen, Diskussionen, Informationsfahrten, Fachplanungen, Prüfauftrag im Koalitionsvertrag, Veröffentlichungen, Tagungen, Eröffnung eines "Informationszentrums" und vieles mehr. Am 1. Oktober 1996 beschloss die Thüringer Landesregierung ein "Integriertes Schutzkonzept für den Hainich" mit dem Ziel einer Nationalparkausweisung. Im Mai 1997 besuchte Angela Merkel als damalige Bundesumweltministerin zusammen mit dem Verteidigungsminister Volker Rühe das Gebiet; beide waren beeindruckt von den naturnahen Buchenwäldern. Das Gesetz über den Nationalpark Hainich trat am 31. Dezember 1997 in Kraft, so dass der Hainich immer an Silvester Geburtstag hat. Nach der Gründungsveranstaltung am 28. Februar 1998 in Kammerforst nahm die Nationalparkverwaltung ihre Arbeit in Bad Langensalza auf.
Die natürliche Wiederbewaldung des militärischen Kahlschlags lässt sich am besten vom Aussichtsturm Hainichblick nachvollziehen.