Auf Anhang II der FFH-Richtlinie sind "Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse, für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen" gelistet. Hier stehen viele Arten, welche einzelne Staaten in ihren Einzugsgebieten für schützenswert erachten, die aber natürlicherweise nicht in allen Staaten vorkommen. Insofern tragen diese Einzelstaaten eine ganz besondere Verantwortung für diese Arten.
Anhang IV ist eine Liste von Tier- und Pflanzenarten, die europaweit durch die FFH-Richtlinie unter Schutz stehen, weil sie in ganz Europa und damit auch in den jeweiligen Mitgliedsstaaten, in denen sie vorkommen, gefährdet und damit schützenswert sind. In Deutschland wurde der Schutz der Anhang IV-Arten in das Bundesnaturschutzgesetz als „streng geschützte Arten“ übernommen
Anhang V listet Tier- und Pflanzenarten auf, deren Rückgang und Gefährdung vor allem durch die Entnahme aus der Natur verursacht wurde und die daher vor weiterer unkontrollierter Entnahme geschützt werden mussten.
Auf Anhang I der Vogelschutzrichtlinie sind besonders gefährdete bzw. schutzwürdige Vogelarten (Zug- und Brutvögel) gelistet.
Im Folgenden werden beispielhaft einige FFH-Tierarten vorgestellt, die im Offenland des Nationalparks heimisch sind.
Goldener Scheckenfalter
(Euphydryas aurinia)
Besonders ist am Goldenen Scheckenfalter auch die Funktion als sogenannte Schirmart. Das bedeutet, dass durch den Erhalt seiner Vorkommen und die Sicherung seiner Lebensräume zahlreiche weitere, zum Teil ebenfalls bedrohte Tier- und Pflanzenarten profitieren.
Gelbbauchunke
(Bombina variegata)
Gelbbauchunken legen ihren Laich in flachen Gewässern, oft auch nur Pfützen, ab. Diese entstehen, wo Boden verdichtet ist - beispielsweise durch Rinder und Pferde, die sich in bestimmten Bereichen besonders gern wälzen oder diese sehr häufig betreten.
Nördlicher Kammmolch
(Triturus cristatus)
Nach dem Gewässeraufenthalt wird im Spätsommer die Wassertracht, insbesondere die auffälligen Hautsäume der Männchen, weitgehend zurückgebildet und weicht einer unscheinbareren Landtracht.
Schmale Windelschnecke
(Vertigo angustior)
Die Schmale Windelschnecke ist mit einer Gehäusegröße von nur 1,8 x 0,9 mm die kleinste heimische Windelschnecke. Sie ist europäisch verbreitet. Mitteleuropa liegt im Zentrum des Artareals und in Deutschland hat sie ein Verbreitungszentrum.
Wildkatze
(Felis silvestris)
Vor allem im Umfeld von Kerngebieten der Wildkatzenverbreitung ist ein verstärktes Auftreten dieser Waldbewohnerin auch in Offenlandbereichen zu beobachten. Neuere Forschungsarbeiten zeigen, dass dass es sich dabei nicht (nur) um (ab)wandernde Tiere auf der Suche nach neuen Waldlebensräumen handelt, sondern dass die Wildkatzen die Gebiete trotz Waldmangel auch als Sommerlebensraum nutzen. Essenziell ist dabei immer das Vorhandensein ausreichender Deckung.
Zauneidechse
(Lacerta agilis)
Im deutschsprachigen Raum erreichen Zauneidechsen ausnahmsweise Gesamtlängen von etwa 24 cm. Besonders große Tiere weisen hier Kopf-Rumpf-Längen von etwa 9,5 cm und Schwanzlängen von etwa 14 cm auf.
Grauammer
(Emberiza calandra)
Die Grauammer bevorzugt strukturreiche offene Landschaften, die weiträumig übersichtlich, aber von einzelnen Büschen, die als Singwarten genutzt werden, durchsetzt sind. In der intensiv genutzten Agrarlandschaft findet sie daher immer weniger geeignete Lebensräume und Brutstätten. Der Bestand dieser hauptsächlich in Europa vorkommenden Art umfasst im Nationalpark ca. 250 Reviere und entspricht ca. ¼ des Bestandes in ganz Thüringen (Stand 2021).
Wiesenpieper
(Anthus pratensis)
Der Wiesenpieper ist überwiegend am Boden unterwegs. Gern nimmt er aber auch auf Zaunpfählen und Sträuchern Platz. Sein napfförmiges Nest baut er am Boden in dichter Vegetation.
Neuntöter
(Lanius collurio)
Der Neuntöter ist zum Symbol für Heckenbrüter schlechthin geworden. Seine Nester legt er überwiegend in Dornensträuchern, aber auch in dornenlosen Büschen und kleinen Bäumen an. Seinen brutal klingenden Namen erhielt der Neuntöter aufgrund seines Beuteverhaltens. Als Nahrungsreserve beziehungsweise zur Bearbeitung spießt er Insekten, kleine Vögel oder Mäuse auf Dornen oder spitze Zweige auf.
Raubwürger
(Lanius excubitor)
In der Roten Liste Thüringen wird er als "vom Aussterben bedroht" geführt. Der Raubwürger ist vor allem von einem zunehmenden Lebensraumverlust und -wandel betroffen. Die Intensivierung der Landwirtschaft und die Ausräumung der Landschaft, aber auch ein geringeres Nahrungsangebot durch intensiven Einsatz von Pestiziden sowie Störungen durch Freizeitnutzung haben sich auf seine Bestände sehr negativ ausgewirkt.
Braunkehlchen
(Saxicola rubetra)
Wichtige Requisiten im Lebensraum des Braunkehlchens sind Ansitzwarten, z. B. Stauden, Pfähle, Zäune, einzelne Büsche oder Freileitungen. Die Nester werden am Boden in dichter Krautvegetation, meist an Saumstrukturen in der offenen Landschaft errichtet. Als Nahrung dienen vor allem Insekten, Spinnentiere, kleine Schnecken und Würmer.
Die Hauptüberwinterungsgebiete dieses Langstreckenziehers liegen in den Savannengebieten südlich der Sahara und den Grasländern im Osten Afrikas von Äthiopien bis Nordsambia. In Mitteleuropa werden die Brutgebiete in der Regel im April besetzt und zwischen Anfang August und Anfang Oktober verlassen.
Turteltaube
(Streptopelia turtur)
Unter unseren heimischen Tauben hat die Turteltaube eine kleine Sonderstellung inne, denn sie ist ein Langstreckenzieher. Deswegen hat sie auch nur eine kurze Brutzeit. Ihre Verbreitung ist auf trocken-warme Gebiete beschränkt, und sie hält sich weitgehend von Städten fern. Doch diese Sonderstellung ist nicht gerade vorteilhaft für die kleine Taube, denn sie sieht sich vielerorts drastischen Bestandsrückgängen gegenüber.
Turteltauben sind sehr beliebt, denn sie stehen für Glück, Liebe und Frieden. Früher glaubten die Menschen auch, dass Turteltauben sie vor Krankheiten bewahren.
Turteltauben ernähren sich rein vegetarisch. Auf ihrem Speisezettel stehen hauptsächlich Samen und Früchte von verschiedenen Wildkräutern wie Knöterich- und Gänsefußgewächsen, aber auch von Gräsern und Getreide.
Rebhuhn
(Perdix perdix)
Für ihre Größe von 28 bis 32 cm können Rebhühner eine erstaunliche Zahl an Eiern legen – bis zu 20 Stück. Rebhühner gehören zu den Hühnervögeln. Als ehemaliger Steppen- und Waldsteppen-Bewohner Mitteleuropas bis nach Asien wurde das Rebhuhn durch eine sich ausweitende Landwirtschaft zum Kulturfolger. Heute trifft man das Rebhuhn auf offenen Flächen wie Wiesen, Feldern und Brachflächen an. Es brütet in dichterem Gebüsch und Hecken, weshalb eine reich strukturierte Landschaft als Lebensraum benötigt wird.
Rotmilan
(Milvus milvus)
Es gibt keine andere Vogelart, von der ein so großer Anteil des Weltbestandes in Deutschland brütet. Fast 60% der globalen Brutpopulation brütet in Deutschland.
Markante Merkmale des Rotmilans sind sein tief gegabelter Schwanz und seine rostfarbene Grundfarbe. Auf der Unterseite sind im Flug weiße Fenster am Flügel erkennbar.