Nach der Gründung des Nationalparks Hainich am 31.12.1997 nahm im März 1998 die Nationalparkverwaltung in Bad Langensalza ihre Arbeit auf. Sie ist seit dem 01.Januar 2012 direkt dem Thüringer Ministerium für Landwirtschaft, Forsten, Umwelt und Naturschutz unterstellt. Die Nationalparkverwaltung Hainich war bis zum Ende des Jahres 2011 ein Teil von Thüringenforst, der Thüringer Landesforstverwaltung.

Nach dem Thüringer Gesetz zum Nationalpark Hainich vom 19.12.1997 nimmt die Nationalparkverwaltung die Aufgaben der unteren Naturschutz- und unteren Forstbehörde wahr. Sie hat Maßnahmen der Entwicklung und Pflege des Nationalparks zu koordinieren und durchzuführen und die Einhaltung der geltenden Schutzvorschriften zu überwachen.

Die Nationalparkverwaltung betreibt Informations- und Bildungsarbeit, um Verständnis für ungestörte Abläufe im Naturhaushalt zu wecken und einen Beitrag zur allgemeinen Umweltbildung zu leisten. Sie wird durch ein Kuratorium beraten.